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Veröffentlichungen

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in Cell Genom

Single-cell-resolved dynamics of chromatin architecture delineate cell and regulatory states in zebrafish embryos

  • A.C. McGarvey
  • W. Kopp
  • D. Vučićević
  • K. Mattonet
  • R. Kempfer
  • A. Hirsekorn
  • I. Bilić
  • M. Gil
  • A. Trinks
  • A.M. Merks
  • D. Panáková
  • A. Pombo
  • A. Akalin
  • J.P. Junker
  • D.Y.R. Stainier
  • D. Garfield
  • U. Ohler
  • S.A. Lacadie
in RNA

RNA-binding proteins regulate aldosterone homeostasis in human steroidogenic cells

  • R. Fu
  • K. Wellman
  • A. Baldwin
  • J. Rege
  • K. Walters
  • A. Hirsekorn
  • K. Riemondy
  • W.E Rainey
  • N. Mukherjee
in Nat Struct Mol Biol

Quantification of translation uncovers the functions of the alternative transcriptome

  • L. Calviello
  • A. Hirsekorn
  • U. Ohler
in Cell

The translational landscape of the human heart

  • S. van Heesch
  • F. Witte
  • V. Schneider-Lunitz
  • J.F. Schulz
  • E. Adami
  • A. Faber
  • M. Kirchner
  • H. Maatz
  • S. Blachut
  • C.L. Sandmann
  • M. Kanda
  • C.L. Worth
  • S. Schafer
  • L. Calviello
  • R. Merriott
  • G. Patone
  • O. Hummel
  • E. Wyler
  • B. Obermayer
  • M. Mücke
  • E.L. Lindberg
  • F. Trnka
  • S. Memczak
  • M. Schilling
  • L.E. Felkin
  • P.J.R. Barton
  • N.M. Quaife
  • K. Vanezis
  • S. Diecke
  • M. Mukai
  • N. Mah
  • S.J. Oh
  • A. Kurtz
  • C. Schramm
  • D. Schwinge
  • M. Sebode
  • M. Harakalova
  • F.W. Asselbergs
  • A. Vink
  • R.A. de Weger
  • S. Viswanathan
  • A.A. Widjaja
  • A. Gärtner-Rommel
  • H. Milting
  • C. Dos Remedios
  • C. Knosalla
  • P. Mertins
  • M. Landthaler
  • M. Vingron
  • W.A. Linke
  • J.G. Seidman
  • C.E. Seidman
  • N. Rajewsky
  • U. Ohler
  • S.A. Cook
  • N. Hubner
in Nat Commun

Global identification of functional microRNA-mRNA interactions in Drosophila

  • H.H. Wessels
  • S. Lebedeva
  • A. Hirsekorn
  • R. Wurmus
  • A. Akalin
  • N. Mukherjee
  • U. Ohler
in Genome Biol

Reproducible inference of transcription factor footprints in ATAC-seq and DNase-seq datasets using protocol-specific bias modeling

  • A. Karabacak Calviello
  • A. Hirsekorn
  • R. Wurmus
  • D. Yusuf
  • U. Ohler
in Nat Commun

Determinants of promoter and enhancer transcription directionality in metazoans

  • M.M. Ibrahim
  • A. Karabacak
  • A. Glahs
  • E. Kolundzic
  • A. Hirsekorn
  • A. Carda
  • B. Tursun
  • R.P. Zinzen
  • S.A. Lacadie
  • U. Ohler
in Dev Cell

FACT sets a barrier for cell fate reprogramming in Caenorhabditis elegans and human cells

  • E. Kolundzic
  • A. Ofenbauer
  • S.I. Bulut
  • B. Uyar
  • G. Baytek
  • A. Sommermeier
  • S. Seelk
  • M. He
  • A. Hirsekorn
  • D. Vucicevic
  • A. Akalin
  • S. Diecke
  • S.A. Lacadie
  • B. Tursun
in Cell Stem Cell

A multi-step transcriptional and chromatin state cascade underlies motor neuron programming from embryonic stem cells

  • S. Velasco
  • M.M. Ibrahim
  • A. Kakumanu
  • G. Garipler
  • B. Aydin
  • M.A. Al-Sayegh
  • A. Hirsekorn
  • F. Abdul-Rahman
  • R. Satija
  • U. Ohler
  • S. Mahony
  • E.O. Mazzoni
in BMC Bioinformatics

JACUSA: site-specific identification of RNA editing events from replicate sequencing data

  • M. Piechotta
  • E. Wyler
  • U. Ohler
  • M. Landthaler
  • C. Dieterich