folder

Biopolymer-Modellierung mit erhoehter Strukturaufloesung unter Verwendung von Roentgen-Weitwinkelstreudaten und der Datenbank OBIOSCAT

Authors

  • E.C. Mueller
  • J.J. Mueller

Citation

  • 204-216

Abstract

  • Die Brookhaven Protein-Strukturdatenbank (PDB) fasst die bisher ermittlten Protein- und Nucleinsaeurekristallstrukturen als Atomkoordinatensaetze zusammen. Sie bietet die Basis zur Extraktion spezifischer Infromationen, die experimentell mit anderen biophysikalischen Methoden messbar sind. Zur Erweiterung der Strukturaussagen, die z.B. mittels diffuser Roentgenweitwinkel- und Kleinwinkelstreuung sowie mit hydrodynamischen Methoden fuer Biomakromolekuele in Loesung gemacht werden koennen, wurde die Datenbank OBIOSCAT entwickelt. Diese Bank enthaelt neben geometrischen und hydrodynamischen Parametern von Biomakromolekuelen deren Roentgenstreukurven, Elektronenabstandsverteilungsdichten und niedrig aufgelöste Modelle, die aus den Atomkoordinatensaetzen der PDB berechnet wurden. Diese Daten werden fuer Startmodelle im Trial-and-Error-Prozess der Strukturbestimmung fuer Biopolymere in Loesung verwendet. Als Datenbank-Managementsystem wurde ORACLE 6 fuer PC/AT eingesetzt.