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Computational genomics with R

  • A. Akalin
/ EMBO J

Transcriptional repression of NFKBIA triggers constitutive IKK- and proteasome-independent p65/RelA activation in senescence

  • M. Kolesnichenko
  • N. Mikuda
  • U.E. Höpken
  • E. Kärgel
  • B. Uyar
  • A.B. Tufan
  • M. Milanovic
  • W. Sun
  • I. Krahn
  • K. Schleich
  • L. von Hoff
  • M. Hinz
  • M. Willenbrock
  • S. Jungmann
  • A. Akalin
  • S. Lee
  • R. Schmidt-Ullrich
  • C.A. Schmitt
  • C. Scheidereit
/ iScience

Transcriptomic profiling of SARS-CoV-2 infected human cell lines identifies HSP90 as target for COVID-19 therapy

  • E. Wyler
  • K. Mösbauer
  • V. Franke
  • A. Diag
  • L.T. Gottula
  • R. Arsiè
  • F. Klironomos
  • D. Koppstein
  • K. Hönzke
  • S. Ayoub
  • C. Buccitelli
  • K. Hoffmann
  • A. Richter
  • I. Legnini
  • A. Ivanov
  • T. Mari
  • S. Del Giudice
  • J. Papies
  • S. Praktiknjo
  • T.F. Meyer
  • M.A. Müller
  • D. Niemeyer
  • A. Hocke
  • M. Selbach
  • A. Akalin
  • N. Rajewsky
  • C. Drosten
  • M. Landthaler
/ Proc Natl Acad Sci U S A

Functional interplay of Epstein-Barr virus oncoproteins in a mouse model of B cell lymphomagenesis

  • T. Sommermann
  • T. Yasuda
  • J. Ronen
  • T. Wirtz
  • T. Weber
  • U. Sack
  • R. Caeser
  • J. Zhang
  • X. Li
  • V.T. Chu
  • A. Jauch
  • K. Unger
  • D.J. Hodson
  • A. Akalin
  • K. Rajewsky
/ Nat Commun

Deep learning for genomics using Janggu

  • W. Kopp
  • R. Monti
  • A. Tamburrini
  • U. Ohler
  • A. Akalin
/ Ageing Res Rev

Single-cell analyses of aging, inflammation and senescence

  • B. Uyar
  • D. Palmer
  • A. Kowald
  • H.M. Escobar
  • I. Barrantes
  • S. Möller
  • A. Akalin
  • G. Fuellen
/ Nat Commun

Single-nucleus transcriptomics reveals functional compartmentalization in syncytial skeletal muscle cells

  • M. Kim
  • V. Franke
  • B. Brandt
  • E.D. Lowenstein
  • V. Schöwel
  • S. Spuler
  • A. Akalin
  • C. Birchmeier
/ Genome Biol

The SEQC2 epigenomics quality control (EpiQC) study

  • J. Foox
  • J. Nordlund
  • C. Lalancette
  • T. Gong
  • M. Lacey
  • S. Lent
  • B.W. Langhorst
  • V.K.C. Ponnaluri
  • L. Williams
  • K.R. Padmanabhan
  • R. Cavalcante
  • A. Lundmark
  • D. Butler
  • C. Mozsary
  • J. Gurvitch
  • J.M. Greally
  • M. Suzuki
  • M. Menor
  • M. Nasu
  • A. Alonso
  • C. Sheridan
  • A. Scherer
  • S. Bruinsma
  • G. Golda
  • A. Muszynska
  • P.P. Łabaj
  • M.A. Campbell
  • F. Wos
  • A. Raine
  • U. Liljedahl
  • T. Axelsson
  • C. Wang
  • Z. Chen
  • Z. Yang
  • J. Li
  • X. Yang
  • H. Wang
  • A. Melnick
  • S. Guo
  • A. Blume
  • V. Franke
  • I. Ibanez de Caceres
  • C. Rodriguez-Antolin
  • R. Rosas
  • J.W. Davis
  • J. Ishii
  • D.B. Megherbi
  • W. Xiao
  • W. Liao
  • J. Xu
  • H. Hong
  • B. Ning
  • W. Tong
  • A. Akalin
  • Y. Wang
  • Y. Deng
  • C.E. Mason
/ Cell Genom

Single-cell-resolved dynamics of chromatin architecture delineate cell and regulatory states in zebrafish embryos

  • A.C. McGarvey
  • W. Kopp
  • D. Vučićević
  • K. Mattonet
  • R. Kempfer
  • A. Hirsekorn
  • I. Bilić
  • M. Gil
  • A. Trinks
  • A.M. Merks
  • D. Panáková
  • A. Pombo
  • A. Akalin
  • J.P. Junker
  • D.Y.R. Stainier
  • D. Garfield
  • U. Ohler
  • S.A. Lacadie
/ Nat Mach Intell

Simultaneous dimensionality reduction and integration for single-cell ATAC-seq data using deep learning

  • W. Kopp
  • A. Akalin
  • U. Ohler