Haghverdi Lab

AG Haghverdi

Berechnungsmethoden und omic Analytik

Wir entwickeln mathematische und rechnergestützte Methoden, die es ermöglichen, statistisch fundiertes Wissen aus biologischen Hochdurchsatzdaten zu extrahieren.

Informationen zu unserer Arbeitsgruppe finden Sie auf der englischen Seite.

Team

Leiter

Dr. Laleh Haghverdi
Dr. Laleh Haghverdi
101: Berlin Institute for Medical System Biology
Raum: 2.08
+49 30 9406-1353

Wissenschaftler

Sekretariat

David Schwab
David Schwab
101: Berlin Institute for Medical System Biology
Raum: 2.02
+49 30 9406-1753

Doktorand

Melanie Fattohi
101: Berlin Institute for Medical System Biology
Raum: 5.44-49
Valérie Marot-Lassauzaie
101: Berlin Institute for Medical System Biology
Raum: 2.15.1
Carla Mölbert
Carla Mölbert
101: Berlin Institute for Medical System Biology
Raum: 2.82-89

Veröffentlichungen

/ Bioinformatics

Identifying cancer cells from calling single-nucleotide variants in scRNA-seq data

  • V. Marot-Lassauzaie
  • S. Beneyto-Calabuig
  • B. Obermayer
  • L. Velten
  • D. Beule
  • L. Haghverdi
/ Bioinformatics

Compound-SNE: comparative alignment of t-SNEs for multiple single-cell omics data visualization

  • C.G. Cess
  • L. Haghverdi
/ Brief Bioinform

Single-cell multi-omics analysis identifies context-specific gene regulatory gates and mechanisms

  • S.A. Malekpour
  • L. Haghverdi
  • M. Sadeghi
/ Life Sci Alliance

Single-cell time series analysis reveals the dynamics of HSPC response to inflammation

  • B.J. Bouman
  • Y. Demerdash
  • S. Sood
  • F. Grünschläger
  • F. Pilz
  • A.R. Itani
  • A. Kuck
  • V. Marot-Lassauzaie
  • S. Haas
  • L. Haghverdi
  • M.A. Essers
/ Front Bioinform

Adjustments to the reference dataset design improve cell type label transfer

  • C. Mölbert
  • L. Haghverdi
/ Stem Cell Rep

Single-cell multi-omics and lineage tracing to dissect cell fate decision-making

  • L. Haghverdi
  • L.S. Ludwig
/ PLoS Comput Biol

Towards reliable quantification of cell state velocities

  • V. Marot-Lassauzaie
  • B.J. Bouman
  • F.D. Donaghy
  • Y. Demerdash
  • M.A.G. Essers
  • L. Haghverdi
/ Genome Med

Single-cell transcriptomics reveals common epithelial response patterns in human acute kidney injury

  • C. Hinze
  • C. Kocks
  • J. Leiz
  • N. Karaiskos
  • A. Boltengagen
  • S. Cao
  • C.M. Skopnik
  • J. Klocke
  • J.H. Hardenberg
  • H. Stockmann
  • I. Gotthardt
  • B. Obermayer
  • L. Haghverdi
  • E. Wyler
  • M. Landthaler
  • S. Bachmann
  • A.C. Hocke
  • V. Corman
  • J. Busch
  • W. Schneider
  • N. Himmerkus
  • M. Bleich
  • K.U. Eckardt
  • P. Enghard
  • N. Rajewsky
  • K.M. Schmidt-Ott
/ Proceedings of the ACM SIGKDD International Conference on Knowledge Discovery and Data Mining

KDD Health Day/DSHealth 2021: Joint KDD 2021 Health Day and 2021 KDD Workshop on Applied Data Science for Healthcare: state of XAI and trustworthiness in health

  • F. Wang
  • P. Chakraborty
  • T. Xu
  • P.Y.S. Hsueh
  • X. Sun
  • G. Stiglic
  • G. Crane
  • J. Bian
  • L. Haghverdi
  • L. Yao
  • F. Buettner
/ Nat Biotechnol

Batch effects in single-cell RNA-sequencing data are corrected by matching mutual nearest neighbors

  • L. Haghverdi
  • A.T.L. Lun
  • M.D. Morgan
  • J.C. Marioni

Nachrichten

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Wissenschaft

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Beim Girls'Day haben 22 junge Berlinerinnen den Berufsalltag einer Informatikerin kennengelernt – in der Corporate IT oder als Forscherin am Max Delbrück Center in Berlin-Buch und Mitte. Zeitgleich fand auch der Boys’Day statt.
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Dr. Laleh Haghverdi leitet ab 1. Juli die neue MDC-Arbeitsgruppe „Berechnungsmethoden und Omic Analytik“. Sie sucht und findet mathematische Ansätze, die die Analyse und Integration von Einzelzell- und Multi-Omics-Daten verbessern.

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