Systems Biology Imaging

Die Lichtmikroskopie-Plattform ist Teil des Berlin Institute of Medical System Biology am Max-Delbrück-Centrum. Wir stellen sowohl moderne Mikroskopiemethoden als auch Werkzeuge für die Bildverarbeitungs- und -analyse bereit. Durch Zusammenarbeit mit Industriepartnern arbeiten wir daran, neue Bildgebungtechnologien auf dem Campus verfügbar zu machen.

Forschungsschwerpunkt

TIRF-Fluoreszenzmikroskopie zeigt die Aktivität primärer Neuronen des Hippocampus. Die Daten wurden von Dr. Zohreh Farsi aufgenommen.

Zusätzlich zu unserer Unterstützung der Forschungsaktivitäten anderer Forschender am MDC und BIMSB, untersuchen wir auch die Struktur, Funktion und Modulationen neuronaler Synapsen. Dafür nutzen wir bestehende Technologien und entwickeln auch selbst Methoden in den Bereichen

kleiner und genetisch codierter Biosensoren
experimenteller Multiplexing-Techniken
moderner Bildanalyse-Werkzeuge

um interzelluläre Signaltransduktion und synaptische Transmission quantitativ studieren zu können. Damit möchten wir zu einem besseren Verständnis von Informations-Prozessierung auf dem subzellulären, zellulären und Netzwerk-Level sowie deren Einfluss auf neurologische Störungen beitragen.

Veranstaltungen

Bevorstehende Veranstaltungen

Microscopy Club | monatlich

Vergangene Veranstaltungen

11th Berlin Summer Meeting and BIMSB Opening Symposium | 25.-27. Oktober 2018

Leica workshop on Multiphoton Confocal and Advanced Live Cell Imaging | 19.-22. September 2017

MDC Technology Training in Light Microscopy / Zeiss workshop | 11.-13. Juli 2017

10th Berlin Summer Meeting "Imaging Gene Regulation from DNA to RNA to protein” | 8.-10. Juni 2017

EU-Life Course Biological Image Reconstruction and Analysis | 14.-18. November 2016

Gruppenleitung

Dr. Robert P. Zinzen

101: Berlin Institute for Medical Systems Biology: 1.07

Robert.Zinzen@mdc-berlin.de

Technische Assistenz

Agnieszka Klementowicz

101: Berlin Institute for Medical Systems Biology: 2.50.1

Agnieszka.Klementowicz@mdc-berlin.de

Wissenschaftler

Dr. Peran Hayes

101: Berlin Institute for Medical Systems Biology: 2.50.1

davidperan.hayes@mdc-berlin.de

Ehemalige Teammitglieder

Dr. Andrew Woehler

Dr. Nikita Vladimirov

Dr. Anna Oliveras Martinez

Dr. Zohreh Farsi

Dr. Marie Walde

Elisabeth Fritsch

Giulia Forcina

Linda Drewicke

Ecem Çakmak

Leica SP8 SMD Konfokalmikroskop

microscope equipped with 4 hybrid detectors, 1 PMT, 405 nm near-UV diode laser, 440 nm pulsed laser, white light laser, and environmental control chamber.

TIRF- / Weitfeld-Mikroskop

basierend auf einem Nikon TiE mit iLas 2 TIRF-Modul

360 Grad gleichmäßige TIRF-Beleuchtung (mit gleichzeitiger FRAP-, FLIP- oder Photoaktivierungsmöglichkeit) und einer Prime-95B back-illuminated sCMOS-Kamera

STORM-Mikroskop

aufgebaut auf einem Zeiss Observer Z.1 Gehäuse

ausgestattet mit spezieller homogener Beleuchtungsoptik, spektraler 3D-Detektionsoptik und einer sCMOS-Kamera

Weitfeld-FRET-Mikroskop

aufgebaut auf einem Nikon TE2000

ausgestattet mit einem OptoSplit III und einer EMCCD-Kamera

Fertigungstechnik

Ultimaker2 Extended 3D-Drucker
Form2 3D-Drucker
vielfältiges Werkzeug

Juli 2024 / EMBO Rep

miR-7 controls glutamatergic transmission and neuronal connectivity in a Cdr1as-dependent manner

C.A. Cerda Jara
S.J. Kim
G. Thomas
Z. Farsi
G. Zolotarov
G. Dube
A. Deter
E. Bahry
E. Georgii
A. Woehler
M. Piwecka
N. Rajewsky

26. Februar 2024 / Nat Commun

MarShie: a clearing protocol for 3D analysis of single cells throughout the bone marrow at subcellular resolution

T.F. Mertens
A.T. Liebheit
J. Ehl
R. Köhler
A. Rakhymzhan
A. Woehler
L. Katthän
G. Ebel
W. Liublin
A. Kasapi
A. Triantafyllopoulou
T.J. Schulz
R.A. Niesner
A.E. Hauser

Oktober 2023 / Nat Methods

Spatiotemporal, optogenetic control of gene expression in organoids

I. Legnini
L. Emmenegger
A. Zappulo
A. Rybak-Wolf
R. Wurmus
A. Oliveras Martinez
C. Cerda Jara
A. Boltengagen
T. Hessler
G. Mastrobuoni
S. Kempa
R. Zinzen
A. Woehler
N. Rajewsky

19. Juli 2023 / Neuron

Prox2 and Runx3 vagal sensory neurons regulate esophageal motility

E.D. Lowenstein
P.L. Ruffault
A. Misios
K.L. Osman
H. Li
R.S. Greenberg
R. Thompson
K. Song
S. Dietrich
X. Li
N. Vladimirov
A. Woehler
J.F. Brunet
N. Zampieri
R. Kühn
S.D. Liberles
S. Jia
G.R. Lewin
N. Rajewsky
T.E. Lever
C. Birchmeier

Juli 2023 / Nat Microbiol

Modelling viral encephalitis caused by herpes simplex virus 1 infection in cerebral organoids

A. Rybak-Wolf
E. Wyler
T.M. Pentimalli
I. Legnini
A. Oliveras Martinez
P. Glažar
A. Loewa
S.J. Kim
B.B. Kaufer
A. Woehler
M. Landthaler
N. Rajewsky

25. Mai 2023 / Nat Commun

Establishment of gastrointestinal assembloids to study the interplay between epithelial crypts and their mesenchymal niche

M. Lin
K. Hartl
J. Heuberger
G. Beccaceci
H. Berger
H. Li
L. Liu
S. Müllerke
T. Conrad
F. Heymann
A. Woehler
F. Tacke
N. Rajewsky
M. Sigal

10. April 2023 / Dev Cell

A hydraulic feedback loop between mesendoderm cell migration and interstitial fluid relocalization promotes embryonic axis formation in zebrafish

K. Huljev
S. Shamipour
D. Pinheiro
F. Preusser
I. Steccari
C.M. Sommer
S. Naik
C.P. Heisenberg

Dezember 2022 / Nat Methods

RS-FISH: precise, interactive, fast, and scalable FISH spot detection

E. Bahry
L. Breimann
M. Zouinkhi
L. Epstein
K. Kolyvanov
N. Mamrak
B. King
Xi Long
K.I.S. Harrington
T. Lionnet
S. Preibisch

05. August 2022 / Nat Commun

Pregnancy-induced maternal microchimerism shapes neurodevelopment and behavior in mice

S. Schepanski
M. Chini
V. Sternemann
C. Urbschat
K. Thiele
T. Sun
Y. Zhao
M. Poburski
A. Woestemeier
M.T. Thieme
D.E. Zazara
M. Alawi
N. Fischer
J. Heeren
N. Vladimirov
A. Woehler
V.G. Puelles
S. Bonn
N. Gagliani
I.L. Hanganu-Opatz
P.C. Arck

05. August 2022 / Science

Pathogenic variants damage cell composition and single cell transcription in cardiomyopathies

D. Reichart
E.L. Lindberg
H. Maatz
A.M.A. Miranda
A. Viveiros
N. Shvetsov
A. Gärtner
E.R. Nadelmann
M. Lee
K. Kanemaru
J. Ruiz-Orera
V. Strohmenger
D.M. DeLaughter
G. Patone
H. Zhang
A. Woehler
C. Lippert
Y. Kim
E. Adami
J.M. Gorham
S.N. Barnett
K. Brown
R.J. Buchan
R.A. Chowdhury
C. Constantinou
J. Cranley
L.E. Felkin
H. Fox
A. Ghauri
J. Gummert
M. Kanda
R. Li
L. Mach
B. McDonough
S. Samari
F. Shahriaran
C. Yapp
C. Stanasiuk
P.I. Theotokis
F.J. Theis
A. van den Bogaerdt
H. Wakimoto
J.S. Ware
C.L. Worth
P.J.R. Barton
Y.A. Lee
S.A. Teichmann
H. Milting
M. Noseda
G.Y. Oudit
M. Heinig
J.G. Seidman
N. Hubner
C.E. Seidman

Wissenschaft 04. Mai 2016

Andrew Woehler baut Technologie-Plattform für Mikroskopie am BIMSB auf

Das MDC begrüßt Dr. Andrew Woehler, der ab dem 1. Mai 2016 die Technologie-Plattform für Mikroskopie des BIMSB aufbauen und leiten wird. Er wird neben eigenen Forschungsprojekten und Kooperationen auch Methodenentwicklung und Gerätekonstruktion betreiben, sowie Services für aktuelle Mikroskopietechnologien etablieren, wie zum Beispiel Hochdurchsatz- und Single-Molecule Imaging.

Wir bieten Möglichkeiten der wissenschaftlichen Zusammenarbeit und Beratung sowie Training in den Bereichen Projektplanung, Probenpräparation, Bildaufnahme & -analyse und Datenmanagement an.

Bitte kontaktieren Sie uns für weitere Infos.

Einweisung

Vor der Benutzung unserer Geräte ist eine einmalige theoretische und praktische Einweisung notwendig (ca. 2 Std.)

Buchung

Nutzer können sich unter https://mdc.science-it.ch/ für unser Buchungssystem registrieren.

Nach erfolgreicher Registrierung, können unsere Instrumente unter Browse -> Resources durchsucht und ausgewählt werden. Über den kleinen blauen Pfeil unter dem Gerätebild kann der Zugang zum jeweiligen Gerät beantragt werden. Wir erhalten dadurch eine eMail-Anfrage und werden einen Termin für eine Einweisung am Gerät vorschlagen. Nach der Einweisung wird der Zugang zum Gerät freigeschaltet und Nutzer können es zu beliebigen Zeiten buchen.

Weiterführende Informationen

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