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AG J. Wolf

Mathematische Modellierung zellulärer Prozesse

Informationen zu unserer Arbeitsgruppe finden Sie auf der englischen Seite.

Team

Leiter

Prof. Dr. Jana Wolf
Prof. Dr. Jana Wolf
31.1: Max-Delbrück-Haus
Raum: 5016

Wissenschaftler

Dr. Fabian Konrath
Dr. Fabian Konrath
31.1: Max-Delbrück-Haus
Raum: 5014.1
Prof. Dr. Achim Leutz
Prof. Dr. Achim Leutz
31.1: Max-Delbrück-Haus
Raum: 4028
+49 30 9406-3735
Dr. Mareike Simon
Dr. Mareike Simon
31.1: Max-Delbrück-Haus
Raum: 5015

Sekretariat

Jana Henniger
31.1: Max-Delbrück-Haus
Raum: 3020
+49 30 9406-3261

Doktorand

Student

Veröffentlichungen

/ Curr Opin Syst Biol

From regulation of cell fate decisions towards patient-specific treatments, insights from mechanistic models of signalling pathways

  • M. Simon
  • F. Konrath
  • J. Wolf
/ Bioinformatics

PEDL+: Protein-centered relation extraction from PubMed at your fingertip

  • L. Weber
  • F. Barth
  • L. Lorenz
  • F. Konrath
  • K. Huska
  • J. Wolf
  • U. Leser
/ iScience

A computational model of the DNA damage-induced IKK/ NF-κB pathway reveals a critical dependence on irradiation dose and PARP-1

  • F. Konrath
  • M. Willenbrock
  • D. Busse
  • C. Scheidereit
  • J. Wolf
/ Methods Mol Biol

Resolving crosstalk between signaling pathways using mathematical modeling and time-resolved single cell data

  • F. Konrath
  • A. Loewer
  • J. Wolf
/ Database

Chemical-protein relation extraction with ensembles of carefully tuned pretrained language models

  • L. Weber
  • M. Sänger
  • S. Garda
  • F. Barth
  • C. Alt
  • U. Leser
/ J Chem Theory Comput

Graph neural networks for learning molecular excitation spectra

  • K. Singh
  • J. Münchmeyer
  • L. Weber
  • U. Leser
  • A. Bande
/ Interface Focus

Time-keeping and decision-making in living cells: Part II

  • J.J. Tyson
  • A. Csikasz-Nagy
  • D. Gonze
  • J.K. Kim
  • S. Santos
  • J. Wolf
/ Interface Focus

Time-keeping and decision-making in living cells: Part I

  • J.J. Tyson
  • A. Csikasz-Nagy
  • D. Gonze
  • J.K. Kim
  • S. Santos
  • J. Wolf

Dataset debt in biomedical language modeling

  • J.A. Fries
  • N. Seelam
  • G. Altay
  • L. Weber
  • M. Kang
  • D. Datta
  • R. Su
  • S. Garda
  • B. Wang
  • S. Ott
  • M. Samwald
  • W. Kusa
/ Metabolites

A flexible tool to correct superimposed mass isotopologue distributions in GC-APCI-MS flux experiments

  • J. Langenhan
  • C. Jaeger
  • K. Baum
  • M. Simon
  • J. Lisec

Nachrichten

Jana Wolf
Wissenschaft

Die Modelliererin des Lebens

Jana Wolf übersetzt Krankheitsprozesse in Mathematik. Dabei stützt sie sich auf das wachsende Wissen zu zellulären Mechanismen und Daten aus Experimenten. Ihre Modelle sollen die Vielschichtigkeit des Lebens möglichst realitätsnah abbilden und helfen, Therapien präzise auf Patient*innen zuzuschneiden.
Lichtblattmikroskopischer Scan des hepatopankreatisch-biliären Systems und des Magen-Darm-Trakts eines Mausembryos
Wissenschaft

Die regenerative Kraft der Vorläuferzellen

Forschungen am MDC und BIH haben zutage gefördert, dass Leber, Gallenblase und Bauchspeicheldrüse sich aus einem Pool von Vorläuferzellen entwickeln, der nicht versiegt. Diese Erkenntnisse könnten zur Entwicklung regenerativer Therapien beitragen, schreiben die Forscher*innen im Fachjournal „Nature“.
© Felix Petermann, MDC_portrait_wolf, jana-8592.jpg
Institut & Campus

Professur für Jana Wolf

Dr. Jana Wolf leitet am MDC die Arbeitsgruppe „Mathematische Modellierung zellulärer Prozesse“. Am 15. Juni tritt sie nun ihre Professur an der FU Berlin an. Sie freut sich auf die Expertise der dortigen Kolleg*innen und einen regen Austausch von Ideen – auch um neue medizinische Modelle zu entwickeln.
MINT-EC Bildungsmarkt
Wissenschaft

Warum Mathe einfach unverzichtbar ist

Keine medizinische Grundlagenforschung ohne Mathematik oder Chemie: Dass Interdisziplinarität in der heutigen Wissenschaft eine wichtige Rolle spielt, konnten 350 Schülerinnen und Schüler sowie 50 Lehrkräfte aus ganz Deutschland beim Forum MINT400 erfahren.
MINT-EC
Institut & Campus

Bits, Bytes und Bakterien: Systembiologie-Woche am MDC

Lässt sich das Leben von Mikroorganismen mathematisch beschreiben? Um Fragen wie diese geht es bei der MINT-Excellence-Akademie „Systembiologie“, die vom 6. bis 10. Februar 2017 am MDC stattfindet. 20 Schülerinnen und Schüler aus ganz Deutschland lernen im Labor und am Rechner, wie Wissenschaftler biologische Vorgänge modellieren.

Ehemalige Mitarbeiter

  • Dana Barilan, Master Studentin
  • Oscar Migueles Lozano, Doktorand, wechselte zum Scientific Data Management am Max Delbrück Center
  • Leonie Lorenz, Master Studentin, wechselte zum EMBL-EBI
  • Ziyue Chen, Master Student
  • Daria Komkova, Master Studentin
  • Katharina Baum, Doktorandin und Postdoc, wechselste zum Hasso-Plattner-Institut, Potsdam
  • Uwe Benary, Doktorand und Postdoc, wechselte zu Omikron Data Quality GmbH
  • Janina Mothes, Doktorandin und Postdoc, wechselte zur Bayer AG
  • Laura Stumpf, Master Studentin, wechselte zu Insilico Biotechnology
  • Bente Kofahl, Doktorandin und Postdoc, wechselte zur Universität Freiburg
  • Dorothea Busse, Postdoc, wechselte zu IRI LifeSciences, Humboldt-Universität Berlin
  • Alexandra Iovkova, Wissenschaftlerin, wechselte zur TU München
  • Christian Brettschneider, Postdoc, wechselte zu Atos Consulting
  • Jana Schütze, Doktorandin, wechselte zur Humboldt-Universität Berlin
  • Antonio Politi, Postdoc, wechselte zum EMBL Heidelberg

Gäste und Praktikanten

  • Yukino Fujiya, Praktikum 2023
  • Leonie Lorenz, Praktikum 2021
  • Ziyue Chen, Praktikum 2020/2021
  • Daria Komkova, Praktikum 2021
  • Bashar Morouj, Studentische Hilfskraft 2021
  • Lucas Arnoldt, Praktikum 2020
  • Florian Auer, Praktikum 2020
  • Jonathan Grill, Bachelor Student 2018/2019 
  • Sandra Krüger, Praktikum 2018 
  • Janosch Brandhorst, Bachelor Student 2017/2018
  • Mirjam van Bentum, Charité MoIMed Rotation 2016
  • Pia Brechmann, Praktikum 2016
  • Maria Trofimova, Praktikum 2016
  • Luis Martini, Praktikum 2015
  • Dominik Otto, Praktikum 2014
  • Kristin Meisel, Praktikum 2011
  • Niklas Hartung, Gast-Doktorand

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We always welcome applications from motivated individuals for internships or positions as a Master student, PhD student or PostDoc. Ideally, applicants already have a background in the field of biology as well as computer science/modeling.

If you are interested in joining our lab, please contact our secretary Constanze Dahl (constanze.dahl@mdc-berlin.de) and include the following documents in your application: CV, relevant certificates/ university transcripts (listing the courses and grades), a short text describing why you are interested in joining our lab (email text is fine), when you would like to start (for interns: how long you would like to join us).

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