AG Ohler

Profil

Wir kombinieren genomische Hochdurchsatzexperimente und maschinelles Lernen, um die Regulation von Genen zu verstehen.

Informationen zu unserer Arbeitsgruppe finden Sie auf der englischen Seite.

Team

Veröffentlichungen

10. September 2024 / iScience

Copy-number dosage regulates telomere maintenance and disease-associated pathways in neuroblastoma

• M. Burkert
• E. Blanc
• N. Thiessen
• C. Weber
• J. Toedling
• R. Monti
• V.M. Dombrowe
• M.S. de Biase
• T.L. Kaufmann
• K. Haase
• S.M. Waszak
• A. Eggert
• D. Beule
• J.H. Schulte
• U. Ohler
• R.F. Schwarz

September 2024 / Bioinformatics

Metadata-guided feature disentanglement for functional genomics

• A. Rakowski
• R. Monti
• V. Huryn
• M. Lemanczyk
• U. Ohler
• C. Lippert

29. Juli 2024 / Plant J

MatK impacts differential chloroplast translation by limiting spliced tRNA-K(UUU) abundance

• J.M. Muino
• H. Ruwe
• Y. Qu
• S. Maschmann
• W. Chen
• R. Zoschke
• U. Ohler
• K. Kaufmann
• C. Schmitz-Linneweber

11. Juli 2024 / Am J Hum Genet

Evaluation of polygenic scoring methods in five biobanks shows larger variation between biobanks than methods and finds benefits of ensemble learning

• R. Monti
• L. Eick
• G. Hudjashov
• K. Läll
• S. Kanoni
• B.N. Wolford
• B. Wingfield
• O. Pain
• S. Wharrie
• B. Jermy
• A. McMahon
• T. Hartonen
• H. Heyne
• N. Mars
• S. Lambert
• K. Hveem
• M. Inouye
• D.A. van Heel
• R. Mägi
• P. Marttinen
• S. Ripatti
• A. Ganna
• C. Lippert

08. Juli 2024 / Nucleic Acids Res

Liam tackles complex multimodal single-cell data integration challenges

• P. Rautenstrauch
• U. Ohler

12. April 2024 / Sci Immunol

Genome-wide screening identifies Trim33 as an essential regulator of dendritic cell differentiation

• I. Tiniakou
• P.F. Hsu
• L.S. Lopez-Zepeda
• G. Garipler
• E. Esteva
• N.M. Adams
• G. Jang
• C. Soni
• C.M. Lau
• F. Liu
• A. Khodadadi-Jamayran
• T.C. Rodrick
• D. Jones
• A. Tsirigos
• U. Ohler
• M.T. Bedford
• S.D. Nimer
• V. Kaartinen
• E.O. Mazzoni
• B. Reizis

März 2024 / Prog Artif Intell

DCGG: drug combination prediction using GNN and GAE

• S.S. Ziaee
• H. Rahmani
• M. Tabatabaei
• A.H.C. Vlot
• A. Bender

Februar 2024 / Nat Cancer

The artificial intelligence-based model ANORAK improves histopathological grading of lung adenocarcinoma

• X. Pan
• K. AbdulJabbar
• J. Coelho-Lima
• A.I. Grapa
• H. Zhang
• A.H.K. Cheung
• J. Baena
• T. Karasaki
• C.R. Wilson
• M. Sereno
• S. Veeriah
• S.J. Aitken
• A. Hackshaw
• A.G. Nicholson
• M. Jamal-Hanjani
• C. Swanton
• Y. Yuan
• J. Le Quesne
• D.A. Moore

04. Dezember 2023 / J Cell Biol

Stress-induced nuclear speckle reorganization is linked to activation of immediate early gene splicing

• H.M. Sung
• J. Schott
• P. Boss
• J.A. Lehmann
• M.R. Hardt
• D. Lindner
• J. Messens
• I. Bogeski
• U. Ohler
• G. Stoecklin

August 2023 / Annu Rev Biomed Data Sci

Toward identification of functional sequences and variants in noncoding DNA

• R. Monti
• U. Ohler

Nachrichten

Institut & Campus 12. Mai 2023

Beim Girls’Day IT-Jobs in der Biomedizin entdecken

Beim Girls'Day haben 22 junge Berlinerinnen den Berufsalltag einer Informatikerin kennengelernt – in der Corporate IT oder als Forscherin am Max Delbrück Center in Berlin-Buch und Mitte. Zeitgleich fand auch der Boys’Day statt.

Pressemitteilung Nr. 35 21. Juli 2022 Berlin

Profiling für Zellen

Einzelzellanalysen liefern eine Fülle molekularer und genetischer Informationen. Mit Hilfe des maschinellen Lernens führt ein Team um MDC-Forscher Uwe Ohler diese Daten zusammen und erstellt aussagekräftige Profile der Zellen. Die Chan Zuckerberg Initiative (CZI) fördert das Projekt nun.

Pressemitteilung Nr. 32 13. Juli 2022 Berlin

Stunde der unerforschten Gensegmente

Etwa 7200 kaum erforschte Gensegmente aus dem menschlichen Erbgut fasst ein internationales Konsortium in „Nature Biotechnology“ zusammen und schlägt vor, wie man sie in die Humangenom-Datenbanken integrieren kann. Sie könnten zeigen, was den Menschen von anderen Tieren unterscheidet.

Wissenschaft 16. Mai 2022

„Unser Bedarf an IT-Experten wächst stetig“

Die Digitalisierung prägt die Medizin zusehends. So profitiert die Entwicklung neuer Impfstoffe und Medikamente immer stärker von Datenwissenschaften und KI. Pfizer-Manager Peter Albiez erläutert, wie Graduiertenschulen wie die HEIBRiDS dabei helfen, den enormen Bedarf an Data-Science-Fachkräften zu decken.

Institut & Campus 24. Februar 2022

Mit Deep Learning durch den Daten-Dschungel

Mit einem „Deep Learning“-Modell hat sich Pia Rautenstrauch in einer Data Challenge durchgesetzt. Für Forschende im Bereich des maschinellen Lernens sind solche Wettbewerbe ähnlich wichtig wie Publikationen – und sie können Erkenntnisse über die Unterschiede von Zellen im menschlichen Körper liefern.

Wissenschaft 23. Februar 2022

Eine detaillierte Genschalterkarte des Zebrafischs

Der Zebrafisch ist ein wichtiger Modellorganismus – etwa um Erbkrankheiten zu untersuchen. Ein Team um Uwe Ohler berichtet nun in „Cell Genomics“ und „Nature Machine Intelligence“ von Hochdurchsatz-Experimenten und KI-Methoden, mit denen eine bislang einzigartige Karte seines Genoms gelang.

Pressemitteilung Nr. 49 30. Oktober 2020 Berlin

Methodologisches Kunststück: Biochemikerin Annita Louloupi erhält Marthe-Vogt-Preis

Der Marthe-Vogt-Preis des Forschungsverbundes Berlin e.V. (FVB) geht in diesem Jahr an Dr. Annita Louloupi für ihre herausragenden Beiträge zum wissenschaftlichen Verständnis der RNA-Biologie. Annita Louloupi forscht seit Januar 2019 am MDC. Der Preis zeichnet junge Wissenschaftlerinnen aus.

Pressemitteilung Nr. 23 08. Mai 2020 Berlin

Coronavirus-Forschung mit vereinten Kräften

Genomforscher*innen schließen sich zur Deutschen COVID-19 OMICS Initiative (DeCOI) zusammen. Damit bündeln mehr als 22 Institutionen aus ganz Deutschland ihre Expertise, um einen wissenschaftlichen Beitrag zur Bewältigung der COVID-19 Pandemie zu leisten.

Pressemitteilung Nr. 28 06. Juni 2019 Berlin

Katzen, Kunst und CRISPR – Lange Nacht der Wissenschaften 2019

Wer die Rätsel des Lebens verstehen will, sollte sich auch auf die Welt der Moleküle und Gene einlassen. Während der Langen Nacht der Wissenschaften am 15.06. führen die Forscherinnen und Forscher des MDC ein in dieses Universum.

Wissenschaft 04. Juni 2019 By Jana Schlütter

Für immer jung?

Drei Monate war die Künstlerin Emilia Tikka zu Gast in den Laboren des MDC – und sammelte Inspirationen für ihr Werk „ÆON. Trajectories of Longevity and CRISPR“.

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