AG Ohler

Profil

Wir kombinieren genomische Hochdurchsatzexperimente und maschinelles Lernen, um die Regulation von Genen zu verstehen.

Informationen zu unserer Arbeitsgruppe finden Sie auf der englischen Seite.

Team

Veröffentlichungen

März 2025 / Nat Genet

ImmuneLENS characterizes systemic immune dysregulation in aging and cancer

• R. Bentham
• T.P. Jones
• J.R.M. Black
• C. Martinez-Ruiz
• M. Dietzen
• M. Litovchenko
• K. Thol
• T.B.K. Watkins
• C. Bailey
• O. Pich
• Z. Zhang
• P. Van Loo
• C. Swanton
• N. McGranahan

24. Januar 2025 / bioRxiv

Metrics matter: why we need to stop using silhouette in single-cell benchmarking

• P. Rautenstrauch
• U. Ohler

23. Dezember 2024 / bioRxiv

CNSistent integration and feature extraction from somatic copy number profiles

• A. Streck
• R.F. Schwarz

13. Dezember 2024 / PLoS Genet

TransferGWAS of T1-weighted brain MRI data from UK Biobank

• A. Rakowski
• R. Monti
• C. Lippert

Dezember 2024 / Nat Cardiovasc Res

PDGFRA is a conserved HAND2 effector during early cardiac development

• Y. Xu
• R. Gehlot
• S.J. Capon
• M. Albu
• J. Gretz
• J. Bloomekatz
• K. Mattonet
• D. Vucicevic
• S. Talyan
• K. Kikhi
• S. Günther
• M. Looso
• B.A. Firulli
• M. Sanda
• A.B. Firulli
• S.A. Lacadie
• D. Yelon
• D.Y.R. Stainier

19. November 2024 / bioRxiv

Cell-type specific prediction of RNA stability from RNA-protein interactions

• S. Saran
• S. Lebedeva
• A. Hirsekorn
• U. Ohler

09. November 2024 / BMC Genomics

Interpreting deep neural networks for the prediction of translation rates

• F. Korbel
• E. Eroshok
• U. Ohler

29. Oktober 2024 / Proc Natl Acad Sci U S A

Arabidopsis uses a molecular grounding mechanism and a biophysical circuit breaker to limit floral abscission signaling

• I.W. Taylor
• O.R. Patharkar
• M. Mijar
• C.W. Hsu
• J. Baer
• C.E. Niederhuth
• U. Ohler
• P.N. Benfey
• J.C. Walker

18. Oktober 2024 / iScience

Copy-number dosage regulates telomere maintenance and disease-associated pathways in neuroblastoma

• M. Burkert
• E. Blanc
• N. Thiessen
• C. Weber
• J. Toedling
• R. Monti
• V.M. Dombrowe
• M.S. de Biase
• T.L. Kaufmann
• K. Haase
• S.M. Waszak
• A. Eggert
• D. Beule
• J.H. Schulte
• U. Ohler
• R.F. Schwarz

Oktober 2024 / Nat Genet

MHC Hammer reveals genetic and non-genetic HLA disruption in cancer evolution

• C. Puttick
• T.P. Jones
• M.M. Leung
• F. Galvez-Cancino
• J. Liu
• M. Varas-Godoy
• A. Rowan
• O. Pich
• C. Martinez-Ruiz
• R. Bentham
• K.K. Dijkstra
• J.R.M. Black
• R. Rosenthal
• N. Kanu
• K. Litchfield
• R. Salgado
• D.A. Moore
• P. Van Loo
• M. Jamal-Hanjani
• S.A. Quezada
• C. Swanton
• N. McGranahan

Nachrichten

Wissenschaft 27. März 2025

KI und Forschung – vereint beim ersten HFMI-Workshop

Wie kann KI die Wissenschaft verändern? Die Helmholtz Foundation Model Initiative hat bei ihrem ersten Workshop unterschiedlichste Expert*innen zusammengebracht. Dagmar Kainmüller vom Max Delbrück Center erklärt, was Foundation Models sind und warum interdisziplinäre Zusammenarbeit so wichtig ist.

Institut & Campus 12. Mai 2023

Beim Girls’Day IT-Jobs in der Biomedizin entdecken

Beim Girls'Day haben 22 junge Berlinerinnen den Berufsalltag einer Informatikerin kennengelernt – in der Corporate IT oder als Forscherin am Max Delbrück Center in Berlin-Buch und Mitte. Zeitgleich fand auch der Boys’Day statt.

Pressemitteilung Nr. 35 21. Juli 2022 Berlin

Profiling für Zellen

Einzelzellanalysen liefern eine Fülle molekularer und genetischer Informationen. Mit Hilfe des maschinellen Lernens führt ein Team um MDC-Forscher Uwe Ohler diese Daten zusammen und erstellt aussagekräftige Profile der Zellen. Die Chan Zuckerberg Initiative (CZI) fördert das Projekt nun.

Pressemitteilung Nr. 32 13. Juli 2022 Berlin

Stunde der unerforschten Gensegmente

Etwa 7200 kaum erforschte Gensegmente aus dem menschlichen Erbgut fasst ein internationales Konsortium in „Nature Biotechnology“ zusammen und schlägt vor, wie man sie in die Humangenom-Datenbanken integrieren kann. Sie könnten zeigen, was den Menschen von anderen Tieren unterscheidet.

Wissenschaft 16. Mai 2022

„Unser Bedarf an IT-Experten wächst stetig“

Die Digitalisierung prägt die Medizin zusehends. So profitiert die Entwicklung neuer Impfstoffe und Medikamente immer stärker von Datenwissenschaften und KI. Pfizer-Manager Peter Albiez erläutert, wie Graduiertenschulen wie die HEIBRiDS dabei helfen, den enormen Bedarf an Data-Science-Fachkräften zu decken.

Institut & Campus 24. Februar 2022

Mit Deep Learning durch den Daten-Dschungel

Mit einem „Deep Learning“-Modell hat sich Pia Rautenstrauch in einer Data Challenge durchgesetzt. Für Forschende im Bereich des maschinellen Lernens sind solche Wettbewerbe ähnlich wichtig wie Publikationen – und sie können Erkenntnisse über die Unterschiede von Zellen im menschlichen Körper liefern.

Wissenschaft 23. Februar 2022

Eine detaillierte Genschalterkarte des Zebrafischs

Der Zebrafisch ist ein wichtiger Modellorganismus – etwa um Erbkrankheiten zu untersuchen. Ein Team um Uwe Ohler berichtet nun in „Cell Genomics“ und „Nature Machine Intelligence“ von Hochdurchsatz-Experimenten und KI-Methoden, mit denen eine bislang einzigartige Karte seines Genoms gelang.

Pressemitteilung Nr. 49 30. Oktober 2020 Berlin

Methodologisches Kunststück: Biochemikerin Annita Louloupi erhält Marthe-Vogt-Preis

Der Marthe-Vogt-Preis des Forschungsverbundes Berlin e.V. (FVB) geht in diesem Jahr an Dr. Annita Louloupi für ihre herausragenden Beiträge zum wissenschaftlichen Verständnis der RNA-Biologie. Annita Louloupi forscht seit Januar 2019 am MDC. Der Preis zeichnet junge Wissenschaftlerinnen aus.

Pressemitteilung Nr. 23 08. Mai 2020 Berlin

Coronavirus-Forschung mit vereinten Kräften

Genomforscher*innen schließen sich zur Deutschen COVID-19 OMICS Initiative (DeCOI) zusammen. Damit bündeln mehr als 22 Institutionen aus ganz Deutschland ihre Expertise, um einen wissenschaftlichen Beitrag zur Bewältigung der COVID-19 Pandemie zu leisten.

Pressemitteilung Nr. 28 06. Juni 2019 Berlin

Katzen, Kunst und CRISPR – Lange Nacht der Wissenschaften 2019

Wer die Rätsel des Lebens verstehen will, sollte sich auch auf die Welt der Moleküle und Gene einlassen. Während der Langen Nacht der Wissenschaften am 15.06. führen die Forscherinnen und Forscher des MDC ein in dieses Universum.

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