Ohler Lab

AG Ohler

Bioinformatik der Genregulation

Wir kombinieren genomische Hochdurchsatzexperimente und maschinelles Lernen, um die Regulation von Genen zu verstehen.

Informationen zu unserer Arbeitsgruppe finden Sie auf der englischen Seite.

Team

Veröffentlichungen

/ Am J Hum Genet

Evaluation of polygenic scoring methods in five biobanks shows larger variation between biobanks than methods and finds benefits of ensemble learning

  • R. Monti
  • L. Eick
  • G. Hudjashov
  • K. Läll
  • S. Kanoni
  • B.N. Wolford
  • B. Wingfield
  • O. Pain
  • S. Wharrie
  • B. Jermy
  • A. McMahon
  • T. Hartonen
  • H. Heyne
  • N. Mars
  • S. Lambert
  • K. Hveem
  • M. Inouye
  • D.A. van Heel
  • R. Mägi
  • P. Marttinen
  • S. Ripatti
  • A. Ganna
  • C. Lippert
/ Nucleic Acids Res

Liam tackles complex multimodal single-cell data integration challenges

  • P. Rautenstrauch
  • U. Ohler
/ Sci Immunol

Genome-wide screening identifies Trim33 as an essential regulator of dendritic cell differentiation

  • I. Tiniakou
  • P.F. Hsu
  • L.S. Lopez-Zepeda
  • G. Garipler
  • E. Esteva
  • N.M. Adams
  • G. Jang
  • C. Soni
  • C.M. Lau
  • F. Liu
  • A. Khodadadi-Jamayran
  • T.C. Rodrick
  • D. Jones
  • A. Tsirigos
  • U. Ohler
  • M.T. Bedford
  • S.D. Nimer
  • V. Kaartinen
  • E.O. Mazzoni
  • B. Reizis
/ Prog Artif Intell

DCGG: drug combination prediction using GNN and GAE

  • S.S. Ziaee
  • H. Rahmani
  • M. Tabatabaei
  • A.H.C. Vlot
  • A. Bender
/ Nat Cancer

The artificial intelligence-based model ANORAK improves histopathological grading of lung adenocarcinoma

  • X. Pan
  • K. AbdulJabbar
  • J. Coelho-Lima
  • A.I. Grapa
  • H. Zhang
  • A.H.K. Cheung
  • J. Baena
  • T. Karasaki
  • C.R. Wilson
  • M. Sereno
  • S. Veeriah
  • S.J. Aitken
  • A. Hackshaw
  • A.G. Nicholson
  • M. Jamal-Hanjani
  • C. Swanton
  • Y. Yuan
  • J. Le Quesne
  • D.A. Moore
/ J Cell Biol

Stress-induced nuclear speckle reorganization is linked to activation of immediate early gene splicing

  • H.M. Sung
  • J. Schott
  • P. Boss
  • J.A. Lehmann
  • M.R. Hardt
  • D. Lindner
  • J. Messens
  • I. Bogeski
  • U. Ohler
  • G. Stoecklin
/ Annu Rev Biomed Data Sci

Toward identification of functional sequences and variants in noncoding DNA

  • R. Monti
  • U. Ohler
/ Nature

Antibodies against endogenous retroviruses promote lung cancer immunotherapy

  • K.W. Ng
  • J. Boumelha
  • K.S.S. Enfield
  • J. Almagro
  • H. Cha
  • O. Pich
  • T. Karasaki
  • D.A. Moore
  • R. Salgado
  • M. Sivakumar
  • G. Young
  • M. Molina-Arcas
  • S. de Carné Trécesson
  • P. Anastasiou
  • A. Fendler
  • L. Au
  • S.T.C. Shepherd
  • C. Martínez-Ruiz
  • C. Puttick
  • J.R.M. Black
  • T.B.K. Watkins
  • H. Kim
  • S. Shim
  • N. Faulkner
  • J. Attig
  • S. Veeriah
  • N. Magno
  • S. Ward
  • A.M. Frankell
  • M. Al Bakir
  • E.L. Lim
  • M.S. Hill
  • G.A. Wilson
  • D.E. Cook
  • N.J. Birkbak
  • A. Behrens
  • N. Yousaf
  • S. Popat
  • A. Hackshaw
  • C.T. Hiley
  • K. Litchfield
  • N. McGranahan
  • M. Jamal-Hanjani
  • J. Larkin
  • S.H. Lee
  • S. Turajlic
  • C. Swanton
  • J. Downward
  • G. Kassiotis
/ Nature

Genomic–transcriptomic evolution in lung cancer and metastasis

  • C. Martínez-Ruiz
  • J.R.M. Black
  • C. Puttick
  • M.S. Hill
  • J. Demeulemeester
  • E. Larose Cadieux
  • K. Thol
  • T.P. Jones
  • S. Veeriah
  • C. Naceur-Lombardelli
  • A. Toncheva
  • P. Prymas
  • A. Rowan
  • S. Ward
  • L. Cubitt
  • F. Athanasopoulou
  • O. Pich
  • T. Karasaki
  • D.A. Moore
  • R. Salgado
  • E. Colliver
  • C. Castignani
  • M. Dietzen
  • A. Huebner
  • M. Al Bakir
  • M. Tanić
  • T.B.K. Watkins
  • E.L. Lim
  • A.M. Al-Rashed
  • D. Lang
  • J. Clements
  • D.E. Cook
  • R. Rosenthal
  • G. A. Wilson
  • A.M. Frankell
  • S. de Carné Trécesson
  • P. East
  • N. Kanu
  • K. Litchfield
  • N.J. Birkbak
  • A. Hackshaw
  • S. Beck
  • P. Van Loo
  • M. Jamal-Hanjani
  • N. McGranahan
  • C. Swanton
/ Nature

Lung adenocarcinoma promotion by air pollutants

  • W. Hill
  • E.L. Lim
  • C.E. Weeden
  • C. Lee
  • M. Augustine
  • K. Chen
  • F.C. Kuan
  • F. Marongiu
  • E.J. Evans
  • D.A. Moore
  • F.S. Rodrigues
  • O. Pich
  • B. Bakker
  • H. Cha
  • R. Myers
  • F. van Maldegem
  • J. Boumelha
  • S. Veeriah
  • A. Rowan
  • C. Naceur-Lombardelli
  • T. Karasaki
  • M. Sivakumar
  • S. De
  • D.R. Caswell
  • A. Nagano
  • J.R.M. Black
  • C. Martínez-Ruiz
  • M.H. Ryu
  • R.D. Huff
  • S. Li
  • M.J. Favé
  • A. Magness
  • A. Suárez-Bonnet
  • S.L. Priestnall
  • M. Lüchtenborg
  • K. Lavelle
  • J. Pethick
  • S. Hardy
  • F.E. McRonald
  • M.H. Lin
  • C.I. Troccoli
  • M. Ghosh
  • Y.E. Miller
  • D.T. Merrick
  • R.L. Keith
  • M. Al Bakir
  • C. Bailey
  • M.S. Hill
  • L.H. Saal
  • Y. Chen
  • A.M. George
  • C. Abbosh
  • N. Kanu
  • S.H. Lee
  • N. McGranahan
  • C.D. Berg
  • P. Sasieni
  • R. Houlston
  • C. Turnbull
  • S. Lam
  • P. Awadalla
  • E. Grönroos
  • J. Downward
  • T. Jacks
  • C. Carlsten
  • I. Malanchi
  • A. Hackshaw
  • K. Litchfield
  • J. DeGregori
  • M. Jamal-Hanjani
  • C. Swanton

Nachrichten

Gruppenbild der Girls´Day Teilnehmerinnen am Campus Buch
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Beim Girls’Day IT-Jobs in der Biomedizin entdecken

Beim Girls'Day haben 22 junge Berlinerinnen den Berufsalltag einer Informatikerin kennengelernt – in der Corporate IT oder als Forscherin am Max Delbrück Center in Berlin-Buch und Mitte. Zeitgleich fand auch der Boys’Day statt.
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Einzelzellanalysen liefern eine Fülle molekularer und genetischer Informationen. Mit Hilfe des maschinellen Lernens führt ein Team um MDC-Forscher Uwe Ohler diese Daten zusammen und erstellt aussagekräftige Profile der Zellen. Die Chan Zuckerberg Initiative (CZI) fördert das Projekt nun.
Uncharted territories in the human genome
Pressemitteilung Nr. 32 Berlin

Stunde der unerforschten Gensegmente

Etwa 7200 kaum erforschte Gensegmente aus dem menschlichen Erbgut fasst ein internationales Konsortium in „Nature Biotechnology“ zusammen und schlägt vor, wie man sie in die Humangenom-Datenbanken integrieren kann. Sie könnten zeigen, was den Menschen von anderen Tieren unterscheidet.
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„Unser Bedarf an IT-Experten wächst stetig“

Die Digitalisierung prägt die Medizin zusehends. So profitiert die Entwicklung neuer Impfstoffe und Medikamente immer stärker von Datenwissenschaften und KI. Pfizer-Manager Peter Albiez erläutert, wie Graduiertenschulen wie die HEIBRiDS dabei helfen, den enormen Bedarf an Data-Science-Fachkräften zu decken.
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Mit Deep Learning durch den Daten-Dschungel

Mit einem „Deep Learning“-Modell hat sich Pia Rautenstrauch in einer Data Challenge durchgesetzt. Für Forschende im Bereich des maschinellen Lernens sind solche Wettbewerbe ähnlich wichtig wie Publikationen – und sie können Erkenntnisse über die Unterschiede von Zellen im menschlichen Körper liefern.
Zebrafisch Embryo
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Eine detaillierte Genschalterkarte des Zebrafischs

Der Zebrafisch ist ein wichtiger Modellorganismus – etwa um Erbkrankheiten zu untersuchen. Ein Team um Uwe Ohler berichtet nun in „Cell Genomics“ und „Nature Machine Intelligence“ von Hochdurchsatz-Experimenten und KI-Methoden, mit denen eine bislang einzigartige Karte seines Genoms gelang.
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Methodologisches Kunststück: Biochemikerin Annita Louloupi erhält Marthe-Vogt-Preis

Der Marthe-Vogt-Preis des Forschungsverbundes Berlin e.V. (FVB) geht in diesem Jahr an Dr. Annita Louloupi für ihre herausragenden Beiträge zum wissenschaftlichen Verständnis der RNA-Biologie. Annita Louloupi forscht seit Januar 2019 am MDC. Der Preis zeichnet junge Wissenschaftlerinnen aus.
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Pressemitteilung Nr. 23 Berlin

Coronavirus-Forschung mit vereinten Kräften

Genomforscher*innen schließen sich zur Deutschen COVID-19 OMICS Initiative (DeCOI) zusammen. Damit bündeln mehr als 22 Institutionen aus ganz Deutschland ihre Expertise, um einen wissenschaftlichen Beitrag zur Bewältigung der COVID-19 Pandemie zu leisten.
Lange Nacht der Wissenschaften 2019
Pressemitteilung Nr. 28 Berlin

Katzen, Kunst und CRISPR – Lange Nacht der Wissenschaften 2019

Wer die Rätsel des Lebens verstehen will, sollte sich auch auf die Welt der Moleküle und Gene einlassen. Während der Langen Nacht der Wissenschaften am 15.06. führen die Forscherinnen und Forscher des MDC ein in dieses Universum.
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Für immer jung?

Drei Monate war die Künstlerin Emilia Tikka zu Gast in den Laboren des MDC – und sammelte Inspirationen für ihr Werk „ÆON. Trajectories of Longevity and CRISPR“.

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