Ohler Lab

AG Ohler

Bioinformatik der Genregulation

Team

Leiter

Prof. Dr. Uwe Ohler
Prof. Dr. Uwe Ohler
101: Berlin Institute for Medical System Biology
Raum: 1.05
+49 30 9406-1810

Wissenschaftler

Dr. Mahsa Ghanbari
101: Berlin Institute for Medical System Biology
Raum: 1.50.1
Dr. Scott Allen Lacadie
101: Berlin Institute for Medical System Biology
Raum: 1.50.1
+49 30 9406-1814
Svetlana Lebedeva
Svetlana Lebedeva
101: Berlin Institute for Medical System Biology
Raum: 0.50.1
+49 30 9406-1891
Dr. Roland Schwarz
Dr. Roland Schwarz
101: Berlin Institute for Medical System Biology
Raum: 3.42
+49 30 9406-1331
Dr. Adam Streck
Dr. Adam Streck
101: Berlin Institute for Medical System Biology
Raum: 3.44-49
+49 30 9406-1333
Dubravka Vucicevic
+49 30 9406-1818

Sekretariat

Michaela Kolbe
Michaela Kolbe
101: Berlin Institute for Medical System Biology
Raum: 1.02
+49 30 9406-1752

Technischer Assistent

Antje Hirsekorn
Antje Hirsekorn
101: Berlin Institute for Medical System Biology
Raum: 1.50.1
+49 30 9406-1817

Doktorand

Karam Ibrahim
101: Berlin Institute for Medical System Biology
Raum: 1.50.1
Henrik Köppke
101: Berlin Institute for Medical System Biology
Raum: 1.50.1
Remo Monti
Remo Monti
101: Berlin Institute for Medical System Biology
Raum: 1.50.1
Hendrika Cornelia Vlot
Hendrika Cornelia Vlot
101: Berlin Institute for Medical System Biology
Raum: 1.50.1
Pascal Wetzel
101: Berlin Institute for Medical System Biology
Raum: 1.50.1

Student

Veröffentlichungen

/ Annu Rev Biomed Data Sci

Toward identification of functional sequences and variants in noncoding DNA

  • R. Monti
  • U. Ohler
/ Science

Brassinosteroid gene regulatory networks at cellular resolution in the Arabidopsis root

  • T.M. Nolan
  • N. Vukašinović
  • C.W. Hsu
  • J. Zhang
  • I. Vanhoutte
  • R. Shahan
  • I.W. Taylor
  • L. Greenstreet
  • M. Heitz
  • A. Afanassiev
  • P. Wang
  • P. Szekely
  • A. Brosnan
  • Y. Yin
  • G. Schiebinger
  • U. Ohler
  • E. Russinova
  • P.N. Benfey
/ NAR Genom Bioinform

A computational map of the human-SARS-CoV-2 protein-RNA interactome predicted at single-nucleotide resolution

  • M. Horlacher
  • S. Oleshko
  • Y. Hu
  • M. Ghanbari
  • G. Cantini
  • P. Schinke
  • E.E. Vergara
  • F. Bittner
  • N.S Mueller
  • U. Ohler
  • L. Moyon
  • A. Marsico
/ Bioinformatics

SMITH: spatially constrained stochastic model for simulation of intra-tumour heterogeneity

  • A. Streck
  • T.L. Kaufmann
  • R.F. Schwarz
/ Cell Genom

Altered and allele-specific open chromatin landscape reveals epigenetic and genetic regulators of innate immunity in COVID-19

  • B. Zhang
  • Z. Zhang
  • V.A.C.M. Koeken
  • S. Kumar
  • M. Aillaud
  • H.C. Tsay
  • Z. Liu
  • A.R.M. Kraft
  • C.F. Soon
  • I. Odak
  • B. Bošnjak
  • A. Vlot
  • M.A. Swertz
  • U. Ohler
  • R. Geffers
  • T. Illig
  • J. Huehn
  • A.E. Saliba
  • L.E. Sander
  • R. Förster
  • C.J. Xu
  • M. Cornberg
  • L.N. Schulte
  • Y. Li
/ STAR Protoc

Protocol for fast scRNA-seq raw data processing using scKB and non-arbitrary quality control with COPILOT

  • C.W. Hsu
  • R. Shahan
  • T.M. Nolan
  • P.N. Benfey
  • U. Ohler
/ Nat Struct Mol Biol

A critical period of translational control during brain development at codon resolution

  • D. Harnett
  • M.C. Ambrozkiewicz
  • U. Zinnall
  • A. Rusanova
  • E. Borisova
  • A.N. Drescher
  • M. Couce-Iglesias
  • G. Villamil
  • R. Dannenberg
  • K. Imami
  • A. Münster-Wandowski
  • B. Fauler
  • T. Mielke
  • M. Selbach
  • M. Landthaler
  • C.M.T. Spahn
  • V. Tarabykin
  • U. Ohler
  • M.L. Kraushar
/ Nucleic Acids Res

Cluster-independent marker feature identification from single-cell omics data using SEMITONES

  • A.H.C. Vlot
  • S. Maghsudi
  • U. Ohler
/ Genome Biol

Control of immediate early gene expression by CPEB4-repressor complex-mediated mRNA degradation

  • F. Poetz
  • S. Lebedeva
  • J. Schott
  • D. Lindner
  • U. Ohler
  • G. Stoecklin
/ Nat Commun

Identifying interpretable gene-biomarker associations with functionally informed kernel-based tests in 190,000 exomes

  • R. Monti
  • P. Rautenstrauch
  • M. Ghanbari
  • A.R. James
  • M. Kirchler
  • U. Ohler
  • S. Konigorski
  • C. Lippert

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Beim Girls'Day haben 22 junge Berlinerinnen den Berufsalltag einer Informatikerin kennengelernt – in der Corporate IT oder als Forscherin am Max Delbrück Center in Berlin-Buch und Mitte. Zeitgleich fand auch der Boys’Day statt.
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Der Zebrafisch ist ein wichtiger Modellorganismus – etwa um Erbkrankheiten zu untersuchen. Ein Team um Uwe Ohler berichtet nun in „Cell Genomics“ und „Nature Machine Intelligence“ von Hochdurchsatz-Experimenten und KI-Methoden, mit denen eine bislang einzigartige Karte seines Genoms gelang.
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Methodologisches Kunststück: Biochemikerin Annita Louloupi erhält Marthe-Vogt-Preis

Der Marthe-Vogt-Preis des Forschungsverbundes Berlin e.V. (FVB) geht in diesem Jahr an Dr. Annita Louloupi für ihre herausragenden Beiträge zum wissenschaftlichen Verständnis der RNA-Biologie. Annita Louloupi forscht seit Januar 2019 am MDC. Der Preis zeichnet junge Wissenschaftlerinnen aus.
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Genomforscher*innen schließen sich zur Deutschen COVID-19 OMICS Initiative (DeCOI) zusammen. Damit bündeln mehr als 22 Institutionen aus ganz Deutschland ihre Expertise, um einen wissenschaftlichen Beitrag zur Bewältigung der COVID-19 Pandemie zu leisten.
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Katzen, Kunst und CRISPR – Lange Nacht der Wissenschaften 2019

Wer die Rätsel des Lebens verstehen will, sollte sich auch auf die Welt der Moleküle und Gene einlassen. Während der Langen Nacht der Wissenschaften am 15.06. führen die Forscherinnen und Forscher des MDC ein in dieses Universum.
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Drei Monate war die Künstlerin Emilia Tikka zu Gast in den Laboren des MDC – und sammelte Inspirationen für ihr Werk „ÆON. Trajectories of Longevity and CRISPR“.

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