Bioinformatics and Omics Data Science

Der Austausch einer einzelnen Aminosäure trägt entscheidend dazu bei, dass gesunde B-Zellen zu Krebszellen werden. Wie die Punktmutation an einem Transkriptionsfaktor die Genregulation tiefgreifend verändert, beschreibt ein internationales Team um ECRC-Forscher Stephan Mathas in „Nature Communications“.

Das Neuroblastom ist die dritthäufigste bösartige Krebserkrankung bei Kindern. Um Therapiechancen zu verbessern, untersuchen 16 AGs am Max Delbrück Center und weitere Berliner Forschende nun in einem neuen Sonderforschungsbereich, wie der Krebs entsteht und wächst. Die DFG fördert das Vorhaben mit rund 13,5 Millionen Euro.

Beim Girls'Day haben 22 junge Berlinerinnen den Berufsalltag einer Informatikerin kennengelernt – in der Corporate IT oder als Forscherin am Max Delbrück Center in Berlin-Buch und Mitte. Zeitgleich fand auch der Boys’Day statt.

Bis aus Forschungsergebnissen neue Technologien oder Therapien werden, braucht es einen langen Atem. Vielversprechende „Wegbereiter-Projekte“ erhalten eine Finanzspritze aus dem Impuls- und Vernetzungsfonds der Helmholtz-Gemeinschaft. Nun haben Forschende des Max Delbrück Centers mit drei Projekten überzeugt.

Mit am Max Delbrück Center entwickelten Algorithmen lassen sich nicht nur neue Varianten des Coronavirus im Abwasser rasch aufspüren. Das Verfahren, das ein Team um Altuna Akalin in „Science of the Total Environment“ vorstellt, kommt auch anderen Krankheitserregern leicht auf die Schliche.

Wie unterscheiden sich krebskranke von gesunden Zellen? Ein neuer Machine-Learning-Algorithmus namens „ikarus“ kennt die Antwort, berichtet ein Team um den Bioinformatiker Altuna Akalin vom MDC nun im Fachjournal „Genome Biology“. Das Programm hat eine charakteristische Gensignatur gefunden.

Ähnlich wie zuvor in Dänemark breitet sich in Berlin ein weiterer Subtyp der Omikron-Variante aus: BA.2. Das ergab die Auswertung von Abwasserproben am MDC in Kooperation mit den Berliner Wasserbetrieben und dem Berliner Labor der amedes-Gruppe. Durch BA.2 könnte sich die derzeitige Corona-Welle verlängern.

Um die Verteilung der Virusvarianten im Abwasser – und damit in der Bevölkerung – zu ermitteln, haben Forschende des MDC mit Unterstützung der Berliner Wasserbetriebe ein computerbasiertes Werkzeug entwickelt. Auch andere Wissenschaftler*innen können damit nun arbeiten.

„Computergestützte Genomik mit R“ heißt das neue Lehrbuch von MDC-Forscher Altuna Akalin. Der Bioinformatiker liefert darin nicht nur eine Einführung in die Genomik. Biolog*innen erfahren darin auch Schritt für Schritt, wie sie ihre eigenen Datensätze analysieren können.

Eine Muskelfaser besteht aus nur einer Zelle, hat aber ganz viele Kerne. Wie sehr sich diese voneinander unterscheiden, hat ein MDC-Team um Professorin Carmen Birchmeier gezeigt. Die Studie in „Nature Communications“ kann unter anderem helfen, Muskelerkrankungen wie die Duchenne-Dystrophie besser zu verstehen.