PhD-Student (m/w/d)

Das Max-Delbrück-Centrum für Molekulare Medizin in der Helmholtz-Gemeinschaft hat sich zum Ziel gesetzt, die Medizin von morgen durch unsere Entdeckungen von heute zu verändern. An unseren Standorten in Berlin-Buch, Berlin-Mitte, Heidelberg und Mannheim arbeiten unsere Forschenden interdisziplinär zusammen, um die Komplexität von Krankheiten auf Systemebene zu entschlüsseln – von Molekülen und Zellen bis hin zu Organen und dem gesamten Organismus. In Partnerschaften mit Wissenschaft, Klinik und Industrie sowie in globalen Netzwerken streben wir danach, biologische Erkenntnisse in Anwendungen zu überführen, um gesundheitliche Abweichungen früh zu erkennen, personalisierte Therapien zu entwickeln und letztendlich die Prävention von Krankheiten zu ermöglichen. Das 1992 gegründete Max Delbrück Center inspiriert und fördert heute einen vielfältigen Talentpool von rund 1.800 Menschen aus mehr als 70 Ländern. Wir werden zu 90 Prozent vom Bund und zu 10 Prozent vom Land Berlin finanziert.

Werden Sie Teil eines interdisziplinären Forschungsprojekts an der Schnittstelle von Neurobiologie, RNA-Biologie und Bioinformatik. Ziel des Promotionsprojekts ist es, die regulatorischen Mechanismen zu entschlüsseln, die einer Fehlregulation von RNA als Reaktion auf Umwelt- und virale Stressfaktoren zugrunde liegen. Mithilfe innovativer Gehirnorganoid-Modelle werden Sie computergestützte und experimentelle Methoden einsetzen, um die Auswirkungen von Mikroplastik und/oder HSV-1-Infektionen auf die RNA-Regulation in Modellen von Alzheimer-Erkrankungen und gesunden Kontrollen zu untersuchen. Die gewonnenen Erkenntnisse sollen zu einem besseren Verständnis der Entstehung neurodegenerativer Erkrankungen beitragen.

Ihre Aufgaben

Im Rahmen dieses Promotionsprojekts werden Sie modernste Sequenzierungs- und Analyseverfahren einsetzen, um zu untersuchen, wie Umweltfaktoren und virale Infektionen die RNA-Regulation im menschlichen Gehirn beeinflussen. Dabei stehen insbesondere die molekularen Mechanismen im Fokus, die zur Entstehung und Progression neurodegenerativer Erkrankungen beitragen können.

• Analyse von Veränderungen der RNA-Regulation im menschlichen Gehirn mithilfe von Einzelzell-Transkriptomik und Long-Read-RNA-Sequenzierung
• Untersuchung zentraler RNA-Regulationsprozesse, einschließlich alternativem Spleißen, RNA-Isoform-Nutzung, Polyadenylierungsdynamiken und der Aktivität transponierbarer Elemente
• Erforschung der Auswirkungen von HSV-1-Infektionen sowie genetischen Risikofaktoren auf die Diversität und Regulation von RNA-Isoformen
• Integration und Analyse von Transkriptom- und Epitranskriptom-Datensätzen zur Identifizierung krankheitsrelevanter molekularer Mechanismen
• Vergleich von Daten aus humanen Hirnorganoid-Modellen mit Datensätzen von Alzheimer-Patientinnen und -Patienten zur Bewertung der Krankheitsrelevanz der Modelle
• Entwicklung und Anwendung bioinformatischer Analyseansätze zur Auswertung komplexer Multi-Omics-Datensätze
• Präsentation und Diskussion von Forschungsergebnissen innerhalb des Teams sowie auf nationalen und internationalen wissenschaftlichen Konferenzen
• Mitwirkung an wissenschaftlichen Publikationen in internationalen Fachzeitschriften
• Möglichkeit zur Erweiterung des Projekts auf weitere molekulare Ebenen, darunter Proteomik, Metabolomik und Lipidomik

Ihr Profil

• erfolgreich abgeschlossenes Masterstudium in Bioinformatik, Computational Biology, Molekularbiologie, Neurowissenschaften oder einem verwandten Fachgebiet
• Begeisterung für RNA-Biologie und die Erforschung neurodegenerativer Erkrankungen
• praktische Erfahrung in einem oder mehreren der folgenden Bereiche:
  • Analyse von RNA-Sequenzierungs- und weiteren Omics-Datensätzen (Bulk-, Single-Cell- und/oder Long-Read-Daten)
  • Programmierung und Datenanalyse, insbesondere mit Python und/oder R
• selbstständige, strukturierte und zielorientierte Arbeitsweise
• ausgeprägte Team- und Kommunikationsfähigkeit sowie Freude an der Zusammenarbeit in interdisziplinären und internationalen Forschungsumgebungen
• sehr gute Englischkenntnisse in Wort und Schrift

Wünschenswerte Qualifikationen:

• Erfahrung in der Analyse von RNA-Isoformen, alternativem Spleißen oder epitranskriptomischen Datensätzen
• Kenntnisse in der Integration und Auswertung von Multi-Omics-Daten
• Interesse an Organoid-Modellen und translationaler biomedizinischer Forschung
• praktische Erfahrung in der experimentellen Molekularbiologie, beispielsweise in den Bereichen Zellkultur, Organoid-Technologien oder RNA-Sequenzierung

Ihre Benefits

• internationales Arbeitsumfeld mit Kommunikation in englischer und deutscher Sprache
• interessante Karrieremöglichkeiten und umfangreiches Qualifizierungs- und Weiterbildungsangebot
• Vereinbarkeit von Familie und Beruf zertifiziert durch das Audit berufundfamilie
• vielfältige Unterstützung für „Neu-Berliner*innen“ (Welcome & Family Office)

Außerdem profitieren Sie von:

• einer Vergütung nach dem Tarifvertrag für den öffentlichen Dienst des Bundes (TVöD-Bund), inklusive zusätzlicher betrieblicher Altersversorgung
• einem sicheren Arbeitsplatz
• flexiblen Arbeitszeiten und Unterstützungsangeboten für die Kinderbetreuung
• der Möglichkeit zum mobilen Arbeiten
• einem idyllischen grünen Campus, der bestens mit Fahrrad, ÖPNV oder dem Auto zu erreichen ist
• einer kostenlosen Nextbike-Nutzung vom S-Bahnhof Buch bis zum Campus
• Zuschuss zum Jobticket sowie Vergünstigungen in der Campus-Mensa
• betriebliches Gesundheitsmanagement mit Fitness-Center
• zusätzlichen Gesundheitsleistungen wie Grippeschutz-Impfung, Sehtest, Ergonomie-Beratung am Arbeitsplatz